หลวงพ่อคูณ เกิดในชื่อและนามสกุลทางโลกคือ คูณ ฉัตร์พลกรัง เมื่อวันพฤหัสบดีที่ 4 ตุลาคม พ.ศ. 2466[1] ตรงกับแรม 10 ค่ำ เดือน 10 ปีกุน ที่บ้านไร่ หมู่ที่ 6 ตำบลกุดพิมาน อำเภอด่านขุนทด จังหวัดนครราชสีมา เป็นบุตรชายคนโตของบุญ (บิดา) และทองขาว (มารดา) ซึ่งประกอบอาชีพเกษตรกร มีพี่น้องร่วมบิดามารดาสามคนคือ พระเทพวิทยาคม (คูณ ปริสุทฺโธ), คำมั่น วงษ์กาญจนรัตน์ และ ทองหล่อ เพ็ญจันทร์

โยมบิดามารดาของหลวงพ่อคูณ เสียชีวิตลงขณะที่ลูกทั้งสามยังเด็ก เด็กชายคูณกับน้องสาวทั้งสอง จึงอยู่ในความอุปการะของน้าสาว สมัยที่เด็กชายคูณมีอายุราว 6-7 ขวบ เข้าเรียนหนังสือกับพระอาจารย์เชื่อม วิรโธ, พระอาจารย์ฉาย และพระอาจารย์หลี ทั้งภาษาไทย และภาษาขอม นอกจากนี้พระอาจารย์ทั้งสาม ยังอบรมสั่งสอนคาถาอาคม เพื่อป้องกันอันตรายต่าง ๆ ให้ด้วย เด็กชายคูณจึงมีความรู้ในวิชาไสยศาสตร์มาแต่บัดนั้น